Мато Курои, главная героиня, приходит в старшую школу и знакомится с Ёми Таканаси. Одноклассницы становятся лучшими подругами и все свободное время проводят вместе. Однако спустя год их «разбрасывает» по разным классам, и теперь Мато уделяет подруге все меньше внимания. У нее появляется новая подруга — Юу. Однажды Мато узнает, что Ёми исчезла, и находит подаренную подруге подвеску для телефона в виде голубой звездочки — точно такую же, что и у нее самой.
Как только девушка касается подвески, она сразу же попадает в альтернативный мир, где она — полная противоположность себе самой. Отныне она — Black Rock Shooter, созданная для того, чтобы убивать. Её цель — найти и уничтожить не менее таинственную девушку по имени Dead Master, которая на самом деле является пропавшей Ёми.
