АТОМ 1:

Пятеро подростков участвуют в телешоу на выживание. Благодаря совместному преодолению различных препятствий и взаимопомощи, пятёрка выходит в финал, и выигрывает шоу. Их приветствует организатор шоу — влиятельный бизнесмен, мистер Ли. Он выражает своё восхищение физическими данными и смекалкой ребят, и предлагает уже сдружившейся команде — Акселю, Лайнес, Кингу, Шарку и Хоуку работать на его мегакорпорацию, Ли Индастриз, в качестве испытателей техники нового поколения — наземного транспорта и летательных аппаратов. Подростки соглашаются. По ходу работы они ведут борьбу с особо опасным преступником Александром Пейном. В конце концов им удаётся арестовать Пейна, но над ними нависает новая угроза.

АТОМ 2:

Ли Индастриз начинает заниматься биотехнологиями, и мистер Ли увольняет своих испытателей «за ненадобностью». Позже оказывается, что планы Ли имеют гораздо иные цели, чем научно-медицинские исследования и разработка новых фармацевтических препаратов. Ли движет навязчивая и извращённая идея улучшения мира — создание новой разумной расы существ, которая заменит прогнившее и беспомощное человечество, и приведёт планету к настоящему процветанию. На самом деле, Альфа Тимс служила прототипом такой расы — Ли тайно собирал образцы ДНК каждого из членов команды, обладающих теми или иными способностями, для создания их копий — армии клонов, с добавленными в генотип свойствами и способностями животных, что сделало их более сильными и интеллектуально развитыми. Ли уходит из корпорации, и закрепляется с первой, разумеется, не без дефектов, партией (пятёркой) клонов в убежище где-то в горных ущельях, развивая начатую кампанию, а новым главой Ли Индастриз и наставником команды становится член совета директоров, инвалид Гаррет. К команде A.T.O.M присоединяется девушка Каролина. A.T.O.M и лидер команды, Аксель Мэннинг, ведёт борьбу с клонами, главами преступных синдикатов, и таинственным ниндзя по прозвищу Дракон. Также Аксель расследует причину гибели его отца — Себастьяна Мэннинга, погибшего при взрыве бомбы во время выполнения задания совместно с Пейном. Далее выясняется, что Пейн и Себастьян в прошлом участвовали в секретном государственном проекте «Кризалис», руководителем которого был не кто иной, как мистер Ли.