Сюжет «Могилы светлячков» строится на взаимоотношениях между двумя детьми-сиротами — мальчиком Сэйтой и его младшей сестрой Сэцуко. Время действия — конец Второй мировой войны. Дети потеряли мать во время бомбёжки, произведённой американцами в Кобе, а их отец, который служил в Императорском флоте Японии, тоже погиб. В результате дети вынуждены выживать самостоятельно. Сэйта пытается наладить нормальную жизнь и на некоторое время вместе с сестрой находит приют у своей тётки, однако та относится к детям недружелюбно, и в конце концов Сэйта и Сэцуко уходят из её дома. Они поселяются в заброшенных убежищах на берегу реки, но через некоторое время Сэцуко заболевает. Гибель сестры (2 сентября 1945г. или чуть позже) фактически ставит точку в жизни её старшего брата — фильм начинается с эпизода, где душа Сэйта видит собственную смерть, на вокзале в Кобе — 21 сентября 1945.