Первый сезон:
Блум, обычная девушка шестнадцати лет, спокойно живёт на Земле в городе Гардиния (располагается на территории Северной Америки). Блум с детства любила фей, и однажды встретила девушку в сверкающем костюме, на которую напали магические чудовища. У девушки оказались волшебные силы, и она отбивалась, как могла. Блум помогла ей, неожиданно для себя сумев отбросить монстров энергетической волной. Девушка очень устала после сражения, и Блум отвела её к себе домой. Волшебница рассказала Блум, что её зовут Стелла, и она — фея солнца и луны; помня произошедшее, она объясняет Блум, что та тоже является феей и рассказывает ей о школе для фей Алфее, где она учится. Стелла отвела её в мир Магикс и показала волшебную школу, где Блум решает остаться. В Алфее Блум и Стелла создают Клуб Винкс вместе со своими новыми подругами: Флорой, Музой и Текной.
Вскоре после начала обучения в Алфее они сталкиваются с ведьмами из Облачной Башни: Айси, Дарси и Сторми, которых феи прозвали Трикс. Трикс хотят заполучить великую силу Огня Дракона. Не подозревая, где действительно находится сила, они предполагают, что она заключена в волшебном кольце Стеллы. Они воруют кольцо, но вскоре понимают, что оно бесполезно для них. Винкс забирают кольцо назад. Однажды, когда Трикс схватили Музу, Блум в ярости высвобождает огромную энергию, и Трикс понимают, что сила Огня Дракона заключена в ней. Трикс всячески пытаются её заполучить, пока не берут в заложники приемных родителей Блум. Обманом ведьмы забирают себе Огонь Дракона.
Позднее Блум помогает вернуть свою силу дух её сестры Дафны. Блум узнаёт, что является принцессой планеты Домино, а сама её планета лишена жизни тремя древними ведьмами, и что её настоящие родители — это Орител и Марион — король и королева Домино. Когда Блум вновь обрела свою силу, Клуб Винкс побеждает Трикс в битве, когда те вознамерились подчинить себе волшебное измерение, и Трикс отправляют в монастырь Светлого Камня в перевоспитательных целях. Блум понимает, что является самой сильной феей в истории. Она начинает усиленно интересоваться своим прошлым. Пять девушек становятся очень сильной командой, выступающей против сил зла. В решениях сложностей им помогает директриса школы Фарагонда. Также к борьбе против сил зла присоединяются директор Красного Фонтана Саладин и директриса Облачной Башни Гриффин.
В течение сезона между девушками Винкс и парнями из школы Красный Фонтан формируются пары: Блум и Скай, Стелла и Брендон, Муза и Ривен, Текна и Тимми.
Второй сезон:
Второй сезон начинается с появления новой феи — Лейлы. Лейла — принцесса с планеты Андрос, и её сила заключается в волшебном морфиксе — клейкой субстанции розового цвета. Она должна спасти группу пикси — миниатюрных феечек, которых держит в плену лорд Даркар. У неё есть своя феечка-пикси — Пифф, с которой её связывают так называемые волшебные узы, которые могут возникнуть между феей и пикси. Блум, Стелла, Скай, Брендон и Лейла отправляются на помощь пикси, и у каждой Винкс появляется своя феечка: у Блум — Локетт, у Стеллы — Амур, у Музы — Тьюн, у Текны — Диджит и у Флоры — Чатта.
Лорд Даркар освобождает Трикс из заточения в Светлом Камне для того, чтобы они служили ему. Он хочет получить волшебный кодекс, части которого спрятаны в школах магии и в поселении пикси. Блум продолжает глубоко интересоваться своей историей и своими настоящими родителями, в чём ей помогает новый преподаватель — профессор Авалон. Позднее оказалось, что первоначальный Авалон был не настоящим, а тёмным клоном, которого создал Даркар, а настоящий Авалон был у него в плену.
На протяжении этого сезона все Винкс получают силу Чармикса, которая делает их сильнее. Блум дважды попадает под тёмное колдовство Даркара, вынуждающее подчиняться ему. В последней битве с Даркаром Скаю удаётся вернуть прежнюю Блум, дав волю своим чувствам. Блум изливает всю свою ярость на Даркара и побеждает его вместе с Трикс.
В этом сезоне Флора находит свою пару — это Гелия, племянник Саладина, директора школы специалистов Красный Фонтан. Лейла становится одной из фей Клуба Винкс. Блум продолжает разгадывать тайны своего прошлого.
Третий сезон:
В третьем сезоне Винкс находятся перед лицом нового очень сильного и опасного врага — Валтора. Валтор — древний маг, созданный тремя древними ведьмами из искры от пламени Великого Дракона. Валтор сражался против родителей Блум, но они из последних сил заключили его в измерении Омега. Валтору из Омеги помогают бежать Трикс, которые были брошены туда за их преступления.
В течение сезона Винкс получат окончательное превращение — силу Энчантикса. Феи Энчантикса также обладают волшебной пыльцой, с помощью которой можно снимать тёмные заклинания, в дальнейшим это им очень пригождается. Каждая из Винкс пошла на самоотверженную жертву ради кого-то, за это получив Энчантикс. Только Блум добилась получения Энчантикса усилием воли.
Блум узнаёт, что когда-то Валтор сражался с её родителями по приказу древних ведьм и обманом победил их. Позднее Валтора победила Команда Света, в состав которой помимо родителей Блум входили Фарагонда, Гриффин и Саладин. Гриффин изначально была на стороне Валтора, но затем перешла на правую сторону и стала директрисой школы ведьм.
Винкс отправляются за Водными Звёздами, сила которых противоположна Огню Дракона, и её можно использовать, чтобы победить Валтора. Каждой из трёх фей, решивших пройти лабиринт, чтобы получить Водные Звёзды, пришлось пожертвовать чем-то очень дорогим для себя. Валтор насылает на Магикс силу четырёх стихий и забирает себе Водные Звёзды. Но Блум удалось открыть Ларец Агадора, где Валтор держал все свои заклинания. Три Древние Ведьмы разочаровались в Валторе и отобрали навсегда его человеческое обличие. Блум победила Валтора в ментальной битве. Трикс снова схватили и отправили в Светлый Камень.
Также в этом сезоне Лейла находит свою пару — это Набу, волшебник, за которого родители собирались силой выдать её замуж, однако позднее она поняла, что сама любит его. Блум продолжает поиски своих настоящих родителей.
Четвёртый сезон:
В четвёртом сезоне Винкс возвращаются в качестве преподавателей в школу Алфея. Директриса Фарагонда отводит в Зал Волшебства, куда могли зайти только самые выдающиеся личности. Она рассказывает Винкс о новой трансформации Беливикс, которая является более высокой формой развития Энчантикса. В дальнейшем Винкс открывают новые возможности в Беливиксе: Быстрикс, Зумикс и Трасикс. Блум идёт по коридору истории волшебного измерения и видит на стенах портреты злейших своих врагов: Древних ведьм, Трикс, лорда Даркара и Валтора. За портьерой она обнаруживает портрет четверых неизвестных злых магов.
Чуть позже возле Алфеи появляются те самые маги, которых зовут Огрон, Думан, Гантлос и Анаган. Они всю жизнь занимались охотой на фей Земли и теперь решили забрать последнюю земную фею. Они полагали, что это Блум, но тёмный портал отказался её принять, и они отправились в поисках феи на Землю. По заданию Фарагонды Винкс отправляются на нашу планету с целью защитить эту девушку, которая, как оказалось, живёт в Гардинии. Специалисты, тоже по заданию директрисы, тайно отправляются им помогать.
Чтобы поддерживать своё благосостояние на Земле, Винкс открывают магазин «Любовь и Звери», в котором дарят жителям Гардинии маленьких летающих зверьков, которых Флора придумала создавать из мягких игрушек, и продают предметы ухода за зверьками. Последнюю фею Земли зовут Рокси. Винкс приходится убеждать её в том, что она фея. Поверив им, Рокси помогает Винкс обрести силы Беливикса. Винкс получают новую силу, которая посредством веры людей в них помогает им бороться с магами Чёрного круга.
После победы над колдунами Винкс продолжили спокойную жизнь на Земле, начали заниматься пением и образовали рок-группу Винкс. Много испытаний пережили их отношения с парнями. Ослабленные маги, однако, вскоре вернулись и обманным путем втёрлись в доверие к Винкс. Винкс удаётся освободить фей Земли, однако те вместо благодарности предложили присоединиться к ним в борьбе с «предавшими их мир» людьми.
В дальнейшем Винкс получают от Эфирных фей так называемые Дары Судьбы: Софикс и Любовикс. Дары судьбы должны помочь Винкс в противостоянии обезумевшим от жажды мести феям Земли, которые начали терроризировать людей и превращать планету в дикие заросли. В конце концов Винкс удаётся утихомирить земных фей, а маги тем временем предстали перед судом Морганы — королевы земных фей. Они обманули всех и с помощью Чёрного круга напали на фей и открыли воронку, которая затягивала их внутрь. Набу пожертвовал собой ради победы над магами. Один из даров судьбы предусматривал однократную помощь умирающему, но Огрон взял его и применил на иссохший росток, из которого вырос цветок. Лейла в отчаянии заключила энергию Набу в этом цветке. В конце Лейла присоединилась к Небуле с целью отомстить магам. Моргана рассказывает Рокси, что та является её дочерью, принцессой земных фей. Колдуны скрываются в измерении Омега, и Винкс отправляются туда на помощь Лейле, однако колдуны сами погубили себя — они замерзли во льдах Омеги и упали в пропасть.
Мир на Земле восстановился, и, как ни привыкли они к жизни на этой планете, Винкс улетают обратно в Магикс.
Пятый сезон:
На этот раз опасность придет из водной стихии. У Нептуна, короля подводного царства Андрос есть два сына: злой и коварный Тританнус и добрый и отзывчивый Нерей, которому суждено стать наследником престола Андроса. В результате экологического загрязнения Тританнус превратился в могущественное чудовище, обладающее магическим трезубцем способным превращать морских обитателей в страшных мутантов. Теперь его главная цель — захватить власть в подводном царстве и покорить себе мир Магического измерения! Силы Винкс недостаточно могущественны, чтобы одолеть злодея в подводной битве, поэтому феи начинают трудный путь поиска силы Гармоникс и силы Сиреникс, которые позволят им стать Феями-русалками и сразиться с Тританнусом. В этом путешествии феям будут помогать Волшебные морские создания Селкис и Боллабис. Сумеют ли Винкс помешать Тританнусу стать злым Императором Бесконечного океана и захватить Магическое измерение?
Шестой сезон:
Школы принимают новых студентов. В Облачной башне появляется новая студентка — ведьма Селина с книгой "Легендариум", с помощью которой она может призывать существ из легенд. После демонстрации своих способностей директрисе Гриффин, в школу неожиданно врываются Трикс, которые, как оказалось наблюдали за ней. Победив Гриффин, они объединились с Селиной и захватили Облачную Башню, подняв её в небеса. Их целью стали школы магического измерения, которые они планировали захватить. Первой целью их стала волшебная школа на Линфии. Винкс решили атаковать Облачную башню, одолев Трикс, они решили атаковать Селину, защитившуюся энергетической сферой. Но атака привела к потере волшебных сил у всех, кроме Блум и выбросила (телепортировала) Винкс наружу. Теперь Винкс нужно найти силу Блумикс и одолеть Трикс и Селину. Но выясняется, что Селина в союзе с каким-то неизвестным магом...
